Optimal bidrags seleksjon

Moderne avlsskjemaer, som benytter avanserte reproduktive, statistiske og molekylære genetiske metoder og teknologier, høster høy genetisk framgang, men risikerer også rask økning i innavl. Dette har økt behovet for verktøy for å overvåke og kontrollere hastigheten av økning i innavl i en populasjon, for eksempel ved bruk av optimal bidrags seleksjon (Optimal Contribution Selection, OCS). EVA er en programvarepakke for å beskrive innavl i en populasjon. Det gir grunnlag for å forutse genetiske bidrag fra avlskandidatene med maksimal genetisk respons som samtidig begrenser innavlshastigheten.

EVA utfører to oppgaver:

1. Beskriver populasjonshistorie i forhold til

  • Individuelle innavlskoeffisienter og fullstendighet av stamtavlen
  • Gjennomsnittlig innavl, slektskap, stamtavlefullstendighet og generasjonsekvivalenter per generasjon
  • Genetiske bidrag fra:
    • Alle founder-individer
    • Mest bidragende forfedre
    • Brukerdefinert individ til individ eller gruppe av individer

2. Optimaliserer genetiske bidrag

  • Optimaliserer den lineære funksjonen av avlsverdi og gjennomsnittlig additiv genetisk slektskap
  • Forutsatt optimale bidrag kan individer pares enten tilfeldig eller for å minimere innavl i avkom

Ved optimal balanse av innavl og genetisk framgang gir EVA mulighet for bærekraftige langsiktige avlsmessige avgjørelser, uavhengig av populasjonsstørrelse eller -struktur. EVA har blitt tatt i bruk og testet med suksess i både kommersielle og utrydningstruede populasjoner i de nordiske og baltiske landene.

For å kjøre EVA trenger du nøyaktig og konsistent stamtavleinformasjon. En vanlig stasjonær datamaskin har i de fleste tilfeller nok kapasitet til å kjøre EVA, med unntak av svært store populasjonsstørrelser.

NordGen arrangerer regelmessig workshops på OCS. Nästa workshop arrangeras i Oslo, Norge. Forelesninger og øvelser er tilgjengelig på nettsiden til workshopen.

EVA er fritt tilgjengelig for Windows, Linux og Mac. Hvis du er ny bruker av EVA, vennligst send e-post til Linn Fenna Groeneveld for å registrere deg.

Hvordan sitere EVA i vitenskapelige artikler?

Berg P., Nielsen J. and Sørensen M.K. 2006. EVA: Realized and predicted optimal genetic contributions. CD communication 27-09, 2pp. WCGALP, 2006, s.246.